Plusieurs prêtres et pasteurs ont ainsi mis leur foi en résistance, comme des hommes de Dieu et des Français refusant l’Occupation. Par leur foi, leur résistance fut d’abord spirituelle, pour la défense des droits de l’homme, marquée par des gestes de solidarité, d’entraide et d’implication dans les réseaux de sauvetage.

Visés par les services allemands comme hommes d’Église et comme résistants, la répression s’est abattue sur eux. Pas de déportation systématique des hiérarchies catholique et protestante, mais la plupart de leurs membres résistants arrêtés sont ensuite transférés dans l’univers concentrationnaire.

Certains, jugés et condamnés à mort, ont été déportés dans les prisons du Reich où leurs peines ont parfois été exécutées. D’autres ont été déportés en secret avec leurs camarades résistants. 

Micro-État sans armée et avec une souveraineté limitée, le Vatican est souvent impuissant à s’imposer dans la géopolitique de la guerre. Mais le Saint-Siège a d’autres moyens d’influence : la charité, l’opinion publique et les réseaux religieux transnationaux.

Les réactions du Vatican face à la Shoah reflètent un équilibre changeant entre aide humanitaire et diplomatie prudente. Aux yeux du Vatican, les Juifs sont ainsi des victimes de guerre comme les autres qui ne relèvent pas de sa juridiction ecclésiastique, à moins qu’ils ne soient baptisés.

D’autres facteurs expliquent encore les actions limitées du Saint-Siège face à l’assassinat des Juifs : la peur de représailles contre l’Église, la volonté de ne pas rompre les liens diplomatiques avec l’Allemagne, l’anticommunisme et la persistance de préjugés antijuifs.